Oracle Of Ages

Link, siendo enviado desde Hyrule a Labrynna por el poder de la Trifuerza, despierta en dicha tierra, encontrándose con Impa, que es asediada por un grupo de Octoroks. Desconocido por Link, Impa había caído en las garras de la malvada hechicera de las sombras Veran.

Esto le permitió engañar a Link para que moviera una barrera sagrada que obstruye su objetivo: poseer al Oráculo de las Edades, Nayru. A la vista de Link, Veran posee a Nayru rápidamente y comienza a utilizar su nuevo poder de control de tiempo, para viajar al pasado y comenzar su plan para traer indecibles desgracias al mundo. Link tras reunirse con ciertos personaje como el Alcalde de Labrynna y el Árbol Maku, aprende que para derrotar a Veran, necesitara las Esencias del Tiempo. Sin embargo, las esencias fueron escondidas a lo largo del tiempo, haciéndolas muy difícil obtenerlas. Consiguiendo el Arpa de los Tiempos en casa de Nayru, Link es capaz de viajar en el tiempo e iniciar la búsqueda de las esencias en Labrynna, al mismo tiempo corrigiendo los daños que Veran había causado a la tierra.

Más de la mitad de su viaje, Link finalmente tiene la oportunidad de rescatar a Nayru de las garras de Veran, en el Palacio de Ambi. Sin embargo, tan pronto como lo hace, Veran posee a la  . Con su nueva autoridad, Veran casi logra capturar a Nayru, pero en el último segundo Nayru utiliza su poder para volver todo a la actualidad.

Recolectando la última de las esencias, Link esta preparado para el enfrentamiento final contra Veran, pero antes de que se pueda ir, Ralph corre delante de él, para que él sea quien mate a la Reina Ambi, aun sabiendo que Ambi es su antecesor, su muerte significaría la suya también. Veran resulta demasiado poderosa para Ralph, dejándolo en lugar de matarlo antes de pasar a la lucha contra Link. Tras liberar a Ambi y la poderosa batalla que siguió, Link fue capaz de derrotar a Veran una vez por todas. Veran se ríe cuando mure, diciendo que su objetivo había sido completado, encendiendo de la Llama del Dolor.

Como Link, Nayru y Ralph regresaron a su propio tiempo, un par misterioso se reía, diciendo que el verdadero mal todavía tenía que llegar. Las hermanas Birova habían estado observando los acontecimientos que ocurrieron, y Veran, a pesar de que ser derrotada, logra crear suficiente miedo y pena para encender la Llama del Dolor. El plan de las Birova es resucitar a Ganon una vez que la Llama del Dolor y la Llama de la Destrucción sean encendidas. Este enfrentamiento final tiene lugar al usar las contraseñas entre Oracle of Ages y Oracle of Seasons para desbloquear otro final.

A principios de 1999, Yoshiki Okamoto, entonces jefe de Flagship, propuso su idea de rehacer el original deThe Legend Of Zelda para la Game Boy Color a Shigeru Miyamoto. Okamoto quería desarrollar seis juegos de Zelda para la Game Boy Color; dos remakes y cuatro nuevos para la saga. También quería ponerlos en libertad en una rápida sucesión de cuatro a cinco meses.

Contrariamente a la mentalidad de Miyamoto de crear el sistema de juego en primer lugar, el desarrollo comenzó con la redacción escenario. Algunos de los miembros del personal, dirigido por el director y diseñador Hidemaro Fujibayashi, quisieron saltarse el remake y crear un nuevo título de Zelda de inmediato. La primera entrega de la saga fue considerado demasiado difícil para la nueva generación de jugadores, realizándose cambios hasta el punto en que se tenía un mapa del mundo totalmente diferente. Como resultado, el equipo tuvo problemas porque el escenario y los mapas tuvieron que ser revisados constantemente para todo tipo de modificaciones. La pantalla de la Game Boy en color era un obstáculo adicional al intentar volver al trabajar, ya que es más estrecha que la de un televisor, los jugadores no podían ver una habitación entera sin desplazarse.

Tras un tiempo a Okamoto pidió ayuda a Miyamoto, a quien se le ocurrió una trilogía de juegos, cada uno con un diferente enfoque en los elementos de juego. Esta trilogía se conoce como la "Trilogía de la Trifuerza". La Trifuerza que se compone de tres partes (Poder, Sabiduría y Valor), haría que cada juego de la trilogía fuese asociado con una pieza de la Trifuerza. El primer juego de los tres fue demostrado en la feria Nintendo SpaceWorld de 1999, bajo el título de Zelda no Densetsu: Fushigina Kinomi - Chikara no Sho. Este juego estaba orientado a que Ganon secuestraba a la Princesa Zelda y con el Cetro de las Estaciones, sumió las estaciones de Hyrule en el caos, siendo un precursor de la trama de Oracle of Seasons. En la demostración jugable, Link podía resolver puzzles utilizando el Cetro de las Estaciones, manipulando el entorno y cambiando la estación. En los EE.UU., los juegos pasaron a ser The Legend of Zelda: Mystical Seed of Power, Mystical Seed of Wisdom y Mystical Seed of Courage.

Los juegos guardaban una relación entre sí; los jugadores podrían comenzar con cualquiera de los tres títulos y que las acciones del primer juego afectaran a la historia de los otros dos, un concepto ideado por Okamoto. Más de una decena de guionistas trabajaron de forma simultánea en las tres historias. Los desarrolladores consideraron el uso de un teléfono celular adaptador para transferir datos, pero más tarde se optó por un sistema de contraseñas. Las limitaciones de este sistema y la dificultad de coordinar tres juegos resultaron muy complicado, por lo que el equipo lo redujo a dos juegos siguiendo la sugerencia de Miyamoto. Como resultado, Oracle of Seasons fue la adaptación de Mystical Seed of Power, mientras que Oracle of Ages la adaptación de Mystical Seed of Wisdom y Mystical Seed of Courage fue cancelado.